diff --git a/core/rend/gles/gles.cpp b/core/rend/gles/gles.cpp
index f34e62038..825b8e363 100644
--- a/core/rend/gles/gles.cpp
+++ b/core/rend/gles/gles.cpp
@@ -271,6 +271,11 @@ void main() \n\
 			#if pp_IgnoreTexA==1 \n\
 				texcol.a=1.0;	 \n\
 			#endif\n\
+			\n\
+			#if cp_AlphaTest == 1 \n\
+				if (cp_AlphaTestValue > texcol.a) \n\
+					discard; \n\
+			#endif  \n\
 		#endif \n\
 		#if pp_ShadInstr==0 \n\
 		{ \n\
@@ -294,11 +299,6 @@ void main() \n\
 		} \n\
 		#endif\n\
 		\n\
-		#if cp_AlphaTest == 1 \n\
-			if (cp_AlphaTestValue > color.a) \n\
-				discard; \n\
-		#endif  \n\
-		\n\
 		#if pp_Offset==1 && pp_BumpMap == 0 \n\
 		{ \n\
 			color.rgb+=vtx_offs.rgb; \n\